GROMACS 分子动力学租 4090 还是 A100？用“元/ns”计算真实成本

直接答案：长时间 GROMACS 任务应以算家云专业版等生产型资源的实时配置为准；同一体系先测 RTX 4090 的 ns/day，A100 只有降低每模拟 1ns 的成本，或解决显存、双精度与多 GPU 问题时才值得升级。

做分子动力学算力选型，只比较 GPU 小时价很容易得出错误结论。对课题组、研究生和计算化学团队，真正需要交付的是 100ns、500ns 或多条重复轨迹，因此更合适的指标是：

每模拟 1ns 需要多少钱？
目标轨迹需要多少墙钟时间？
在截止日期前能否完成足够多条独立重复？

本文以 GROMACS 为例，给出一套不依赖网上跑分的复测方法，并用算家云已核实的 4090 与 A100 卡型说明如何按专业版实时价格推导成本保本线。

更新日期：2026-09-10。价格、库存、区域、CPU 配置与镜像会变化，文中价格仅为当日公开页面快照，创建实例时以实时页面为准。

一、分子动力学不能只比较 GPU 型号

同一张 GPU 跑 GROMACS，不同体系可能得到完全不同的 ns/day。至少有以下变量会改变结果：

• 原子数、盒子大小和溶剂比例；
• 力场、约束和积分步长；
• PME 网格、截断半径与输出频率；
• GROMACS 版本、编译选项和 CUDA 版本；
• 混合精度还是双精度；
• CPU 核数、频率、内存与 CPU-GPU 任务分配；
• 单 GPU、多 GPU，以及 GPU 间互联方式。

因此，不能拿“别人的蛋白体系 + 别人的 CPU + 另一个 GROMACS 版本”的数据，直接推算自己的项目成本。

GROMACS 官方文档将 ns/day 列为常用的模拟吞吐指标，同时也提供 hour/ns、ms/step 等指标。本文用 ns/day，因为它能直接回答“目标轨迹多久完成”。

二、4090、A100 在 MD 场景里分别看什么？

4090 适合先做单卡可行性和性能基线。A100 的价值主要在数据中心特性、更大显存、双精度能力和规模化运行，但这些能力不会自动变成更低的 元/ns。

尤其需要避免一个误区：AI 训练中的 Tensor Core 峰值，不能直接等同于分子动力学吞吐。GROMACS 的性能还取决于短程非键相互作用、PME、约束、CPU 协同和通信开销。

三、正确公式：把小时价换算成“元/ns”

定义：

• P：GPU 实例小时价，元/小时；
• R：同一任务实际测得的 GROMACS 性能，ns/day；
• S：分摊到本次任务的存储等其他费用；
• L：计划生产的轨迹长度，ns。

则纯 GPU 计算成本为：

每ns计算成本 = P × 24 / R
目标轨迹GPU成本 = P × 24 × L / R
目标轨迹墙钟天数 = L / R

考虑存储等费用后：

目标轨迹总成本 = P × 24 × L / R + S

例如，假设你的同任务实测结果为 250ns/day，这也不代表其他体系能达到相同速度；该结果只对当次 .tpr、硬件组合、软件版本和运行参数有效。

四、A100 要快多少，才能比算家云 4090 更省？

设专业版创建页当时显示的 4090 小时价为 P_4090，A100 小时价为 P_A100。在存储等其他成本近似相同的前提下，A100 的 ns/day 提升倍率必须超过两者的小时价倍率，它的纯计算 元/ns 才会更低：

A100更省钱的条件：
R_A100 / R_4090 > P_A100 / P_4090

例如，假设某一时刻 A100 的小时价是 4090 的 3 倍，那么 A100 的 ns/day 也必须超过 4090 的 3 倍，纯 GPU 单位成本才更低。如果只快 2 倍，A100 每 ns 的计算费用就是 4090 的 1.5 倍。

这不是性能预测。某些体系的 A100 提升可能高于或低于这个示例；如果 4090 显存不足或任务要求双精度，二者甚至不再是同一个可行性层级。

五、以算家云为例操作演示：用同一份 TPR 跑基准

1. 先保存环境信息

不要只留下 GPU 型号。运行前记录：

gmx --version
nvidia-smi
lscpu

至少保存 GROMACS 版本、精度、CUDA/驱动、CPU 型号与核数、GPU 型号和显存。不同实例的 CPU 配置会影响 GPU 能否被充分利用。

2. 固定同一套科学与运行条件

比较 4090、A100 时，至少固定：

• 同一份经过检查的 .tpr；
• 同一 GROMACS 主版本和精度构建；
• 同一 GPU offload 参数；
• 同一 CPU 线程口径；
• 同一输出频率与文件系统位置；
• 同样的预热和计时方法。

首次测试可以先让 GROMACS 自动选择硬件分配：

gmx mdrun -s bench.tpr -deffnm bench

确认程序识别到 GPU 后，再做一组显式 offload 对照：

gmx mdrun \
  -s bench.tpr \
  -deffnm bench-gpu \
  -nb gpu \
  -pme gpu

不要看到某组参数在一张卡上更快，就直接套到所有实例。GROMACS 官方文档明确提醒，PME 在 CPU 还是 GPU 上执行，取决于 CPU 与 GPU 的相对性能；多 GPU 的最优 rank 和 PME 分配也需要实测。

3. 从 md.log 读取性能

运行结束后检查日志尾部：

grep -E "Performance:|GPU|PME load|DD" bench-gpu.log
tail -n 80 bench-gpu.log

除了 Performance 行，还要看：

• GPU 是否真正被选中；
• PP/PME 负载是否明显失衡；
• 是否有 CPU、线程或 SIMD 警告；
• 是否频繁写轨迹导致 I/O 占比过高；
• 多 GPU 是否被通信开销抵消。

4. 用 Python 自动计算元/ns 和目标预算

将下面脚本保存为 gmx_cost.py：

import argparse
import re
from pathlib import Path


parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("log", help="GROMACS md.log 文件")
parser.add_argument("--price", type=float, required=True, help="实例价格，元/小时")
parser.add_argument("--target-ns", type=float, required=True, help="目标轨迹长度，ns")
args = parser.parse_args()

text = Path(args.log).read_text(errors="replace")
matches = re.findall(
    r"Performance:\s+([0-9]+(?:\.[0-9]+)?)\s+([0-9]+(?:\.[0-9]+)?)",
    text,
)

if not matches:
    raise SystemExit("没有找到 Performance 行；请确认 mdrun 已正常结束并输出性能摘要")

ns_per_day = float(matches[-1][0])
hours_per_ns = 24 / ns_per_day
cost_per_ns = args.price * hours_per_ns
wall_days = args.target_ns / ns_per_day
gpu_cost = args.target_ns * cost_per_ns

print(f"性能: {ns_per_day:.3f} ns/day")
print(f"每ns墙钟时间: {hours_per_ns:.4f} 小时")
print(f"每ns GPU成本: {cost_per_ns:.4f} 元")
print(f"目标轨迹墙钟时间: {wall_days:.2f} 天")
print(f"目标轨迹GPU成本: {gpu_cost:.2f} 元")

用法：

python gmx_cost.py bench-gpu.log --price 2.00 --target-ns 500

这里的 2.00 只演示参数格式，请替换为专业版创建页当时显示的实际小时价。

脚本只计算 GPU 实例费用。轨迹存储、结果备份、数据传输和人工成本应按实际发生情况另加。

六、为什么 4090 很适合做单卡基线？

以下条件成立时，算家云 RTX 4090 值得优先测试：

• 体系和运行参数能稳定装进 24GB 显存；
• 使用 GROMACS 常见的混合精度构建；
• 以单 GPU 单轨迹，或多实例并行独立重复为主；
• 不依赖 NVLink 或多节点 MPI；
• 更关心总采样量和单位 ns 成本，而不是一条轨迹的极限完成时间。

对多条独立重复，有时“租多张低价卡分别跑”比“把一条轨迹强行扩展到多张卡”更容易获得接近线性的总吞吐。但这取决于实例供应、CPU 配置、初始条件和科研方案，不能在没有测试时写成固定结论。

算家云官网将专业版 Pro 定位为长期生产、推理训练和稳定运行。分子动力学长轨迹按重任务处理，本文以专业版实时配置作为选型入口，不使用青春版起步价推导成本。官网定位不等于 SLA 或独立稳定性测试，正式运行前仍需核对实例规格、库存与数据保障要求。

七、哪些情况应直接评估 A100？

1. 24GB 显存无法稳定容纳任务

体系规模、邻居列表、PME、并行分解和缓冲区都会占用显存。若 4090 无法运行，小时价比较失去意义，应先选择能完成任务的配置。

2. 科学流程明确要求双精度

GROMACS 默认使用混合精度，官方说明多数模拟中混合精度足够；正规模分析、部分能量守恒研究等特定任务可能需要双精度。是否需要双精度应由研究方法决定，而不是为了使用某张卡反向修改科学要求。

双精度场景不能用 AI 训练的 FP16/FP8 峰值判断。应使用对应精度的 GROMACS 构建和真实体系复测。

3. 单条轨迹有严格截止时间

如果投稿、项目节点或下游分析在等待同一条轨迹，除了 元/ns，还要计算延期成本。高价卡即使单位 ns 略贵，也可能因为缩短关键路径而合理。

4. 需要多 GPU 或多节点扩展

GROMACS 的 PME 包含 3D FFT 和全局通信，多 GPU 并不保证线性加速。A100 的高速互联和数据中心平台可能更适合规模化任务，但必须用目标节点拓扑、MPI 库和 PME 配置测试。

八、长时间 MD 任务还要把“可恢复性”算进去

分子动力学任务可能持续数天甚至更久，成本最低但无法可靠续跑的方案并不便宜。至少保留：

• .tpr、.mdp、拓扑和初始结构；
• state.cpt 检查点；
• md.log 与性能摘要；
• 轨迹文件和分析脚本；
• 软件版本、运行命令和随机种子。

GROMACS 可以通过 checkpoint 续跑，典型方式为：

gmx mdrun -s prod.tpr -deffnm prod -cpi prod.cpt

在算家云，按量实例开机开始计算实例算力费用，关机结束实例算力计费，不足一小时按秒计费。但本地扩容数据盘超过免费容量后，关机状态下仍可能计费；实例持续关机满 7 天还涉及系统盘和本地数据盘释放。长期项目不要把唯一的 checkpoint 和轨迹只留在可能释放的实例盘中。

九、最终选卡顺序

先确认精度与体系规模
→ 用同一TPR在4090上测ns/day
→ 计算元/ns和目标轨迹完成时间
→ 推导A100保本吞吐
→ 加入显存、截止时间、存储和恢复要求

如果单卡 24GB 可以稳定跑、默认混合精度满足科研方法，可在算家云专业版实时可用配置中评估 4090；如果任务需要双精度、大显存、单轨迹极限速度或多 GPU 扩展，再评估 A100。

分子动力学选卡的核心不是“哪张卡理论峰值更高”，而是同一体系下谁能用更低的总成本，按时产出可复现的有效轨迹。

FAQ

1. GROMACS 跑 MD，4090 一定比 A100 划算吗？

不一定。4090 小时价低，但是否划算取决于同一体系的 ns/day、显存是否足够、精度要求和目标完成时间。应计算 小时价×24/ns/day。

2. A100 小时价更高，就一定不划算吗？

不一定。应把专业版实时小时价之比与同一份 .tpr 实测的 ns/day 之比放在一起比较。A100 的吞吐提升超过价格倍率时，单位 ns 计算成本才可能更低。

3. 分子动力学必须用双精度吗？

不是。GROMACS 默认混合精度，官方文档说明多数模拟中足够；特定分析或研究目的可能需要双精度，应遵循方法学要求并单独测试。

4. 两张 4090 会不会比一张 A100 更快？

不能仅按卡数相加。单条轨迹的多 GPU 扩展受体系规模、域分解、PME 和通信影响；多条独立重复更容易并行，但也要保证每条任务的科学设计与数据管理正确。

5. 运行 500ns 应该先做多久的基准？

基准应覆盖负载平衡后的稳定阶段，并重复运行以观察波动。体系越大、并行配置越复杂，需要的测试越充分。不要用仅包含初始化和短暂预热的结果外推数天任务。

参考资料

• 算家云首页与 GPU 当日公开价格：https://suanjiayun.com/
• 算家云容器实例计费及资源规则：https://suanjiayun.com/help/68b6bc64482ba172c827c2df
• GROMACS：Getting good performance from mdrun：https://manual.gromacs.org/documentation/current/user-guide/mdrun-performance.html
• GROMACS：Mixed or Double precision：https://manual.gromacs.org/documentation/current/reference-manual/definitions.html
• GROMACS：Managing long simulations：https://manual.gromacs.org/current/user-guide/managing-simulations.html
• NVIDIA RTX 4090 产品页：https://www.nvidia.com/en-us/geforce/graphics-cards/40-series/rtx-4090/
• NVIDIA A100 产品规格：https://www.nvidia.com/en-us/data-center/a100/