1.原理
分析分子标记与目标性状QTL之间的连锁关系 。 即利用已知座位的分子标记来定位未知座位的数量性状，通过计算分子标记与QTL之 间的交换率，来确定QTL的具体位置 。
常见的分子标记
应用最广泛、分子标记连锁图谱密度最大的分子标记：RFLP（限制性内切酶片段长度多态性）
实验操作简单、方便 、快捷 、标记多态性高且适应大批量应用：SSR（简单重复序列）
最有发展前景（目前使用最多）：SNP（单核苷酸多态性）
2.QTL定位的前提条件
2.1性状选择
双亲目标性状差别较大
在后代中分离明显，表型性状容易分组
双亲亲缘关系较远，具有足够多的多态性分子标记
2.2具有前人已经构建好的分子标记遗传图谱
3.QTL定位相关的遗传群体
简单来说，初级作图群体容易构建，但是QTL的定位并不会很精确；高级作图群体工作量大，QTL则相对准确。
4.QTL定位分析方法
4.1零区间作图法 the single maker mapping
仅利用单一的分子标记即可作图，且不需要完整的分子标记图谱；
存在的主要问题在于检测到的QTL 通常不会正好落在标记所在的座位上 ， 从而导致对该QTL位置和效应估计的偏差。
4.2单区间作图法 the interval mapping
又称双标记QTL定位法，利用QTL两端的各一个分子标记 ， 建立目标性状个体观察值对双侧标记基因型指示变量的对应关系 ， 通过适当的统计分析方法 ， 计算重组率、QTL效应等参数。需要完整的基因标记图谱；一度成为国际标准QTL计算方法。
问题：同一连锁群内的QTL会影响检验结果，导致假阳性，或造成定位和效应估计出现偏差；每次检验仅用两标记 ， 其它标记的信息未加以利用
4.3混合区间作图法 the composite interval mapping
基于全基因组 的所有标记进行QTL定位及效应分析的作图方法，较大程度上控制了背景的遗传效应，提高了作图的精度与效率
但是该方法不能分析上位性和QTL与环境互作等较为复杂的遗传情况
4.4混合线性模型 the mixed linear model
把环境效应 、QTL与环境的互作效应、 分子标记效应及其与环境的互作效应 ， 以及残差作为随机效应，将效应估计与定位分析结合起来 ， 进行多环境下的QTL分析，提高做图的精度和效率。该法可以避免分子标记的选择对定位的影响、将环境对表型的影响计算入内，灵活性大。
[1]席章营,朱芬菊,台国琴,李志敏.作物QTL分析的原理与方法[J].中国农学通报,2005(01):88-92+99.
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